Knihovna UK HTF vznikla mezi válkami ze dvou menších knihoven, koleje CČS a sekce CČS na Husově československé evangelické fakultě bohoslovecké. Jako první začala vznikat knihovna koleje. Ještě před nastoupením do funkce ředitele koleje roku 1925 se snažil dr. František Kovář o její založení i rozvoj. Teolog požadoval zahájení přípravných prací na zřízení čítárny s odbornou literaturou a periodiky pro bohoslovce na koleji.

Schůzemi ÚR CČSH z ledna 1926 byl Kovář pověřen po poradě s doc. Karlem Statečným z Husovy fakulty zrealizovat první nákup odborné literatury za 10 000 korun pro knihovnu koleje i příruční knihovnu K. Statečného na Husově fakultě. V této dvojí knihovně se tak ocitla díla I. A. Bláhy, A. Harnacka, V. Höppeho, F. Kováře, F. Krejčího, A. Loisyho, T. G. Masaryka, B. Pascala, O. Pertolda, E. Rádla,  A. Sabatiera, J. Tvrdého, F. Žilky aj. Od poloviny třicátých let minulého století se z příruční knihovny pedagogů CČSH na Husově fakultě stala knihovna sekce CČS zde.

Tento stav trval do uzavření vysokých škol v Protektorátu Čechy a Morava, kdy fondy knihovny sekce CČS z fakulty byly přivtěleny ke knihovně koleje, aby mohly sloužit poloilegální výuce bohoslovců za 2. světové války. Odtud se fakultní knihy po poválečném obnovení fakulty opět vrátily zpět, aby v létě 1950 bylo rozhodnuto o jejich převedení do knihovny nově vznikající Husovy československé bohoslovecké fakulty. Na nové Husově fakultě došlo ke spojení knihoven koleje i sekce CČS staré fakulty. Jádro knihovny se dále rozrůstalo i v letech totality za činnosti několika knihovníků. Z nich si uveďme Alenu Kaňákovou a Blahoslava Kováře. Oba se snažili knihovnu i v době totality dále profilovat.

Z Husovy československé bohoslovecké fakulty se roku 1990 stala HTF UK Několik let po jejím vzniku se i s knihovnou stěhovala do objektu v němž ji lze nalézt i dnes.  

Zpracoval ThDr. Jaroslav Hrdlička